(1)提出的问题要针对所要探究的问题来设计，该同学要探究的是酸雨对生物的影响，所选用的实验材料是种子和模拟酸雨，因此可以提出这样的问题：酸雨对种子的萌发有影响吗？（2）假设不是随便作出的，要围绕提出的问题，根据学生已有的知识和经验作出假设；本实验可以作出这样的假设：酸雨对种子的萌发有影响.（3）实验中，控制变量和设置对照实验是设计实验方案必须处理好的两个关键问题；本实验的变量是模拟酸雨.（4）如果大豆种子的自身条件都满足了，由于A瓶中的种子受模拟酸雨的影响，不会萌发，而B瓶中的种子加入的是清水，种子会萌发.（5）若是A、B两瓶中的种子都没有发芽，使实验结果没有了对照，则不能说明酸雨对种子的萌发有影响.故答案为：（1）酸雨对种子的萌发有影响吗？（2）酸雨对种子的萌发有影响（3）模拟酸雨（4）A瓶中的大豆种子没有萌发；B瓶中的种子萌发了（5）不能。
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